L’Inserm est organisé en instituts spécialisés autour de grandes thématiques de recherche. Ces instituts thématiques (IT) coordonnent et organisent la recherche dans leurs domaines respectifs. Chaque structure de recherche Inserm est rattachée à au moins l'un de ces instituts.
Les 9 instituts thématiques de l'Inserm couvrent l’ensemble des secteurs des sciences de la vie et de la santé :