L'ITMO Cancer d'Aviesan finance des projets de recherche sur le cancer dans le cadre de programmes d’organismes partenaires :
- programme national de recherche en environnement-santé-travail (PNR-EST) de l’Anses (Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail), depuis 2011 ;
- équipes françaises de l’ICGC (International Cancer Genome Consortium) ;
- programme HPV (Human Papilloma Virus) et cancer de l'Institut de recherche en santé publique (IreSP), en 2018 ;
- programme ATIP/Avenir du CNRS et de l’Inserm, depuis 2007 ;
- programme Jeunes chercheurs ou jeunes chercheuses (JCJC) de l'ANR (Agence nationale de la recherche), depuis 2020 ;
- postes d'accueil de l'Inserm, en 2014-2016 et 2018.
L'ITMO Cancer finance également des thèses interdisciplinaires dans le cadre des écoles doctorales :
- FIRE (Frontières de l’Innovation en Recherche et Éducation, université Sorbonne Paris-Cité) depuis 2010 ;
- STIC (Sciences et techniques de l'information et de la communication, université Paris-Saclay) depuis 2018.
L'ITMO Cancer apporte également son soutien au réseau des SIRIC (Sites de recherche intégrée sur le cancer), aux côtés de l’INCa et de la Direction générale de l’offre de soins.